良好水生態(tài)系統(tǒng)的特征具有生物的多樣性。包括生物基因的多樣性、生物棲息地的多樣性和生物物種的多樣性三方面；水生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)完整。水生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)指構(gòu)成生態(tài)系統(tǒng)諸要素及其量比關(guān)系，各組分在時(shí)間、空間上的分布，以及各組分之間的能量、物質(zhì)、信息的交流途徑與傳遞關(guān)系。
    只有結(jié)構(gòu)完整的系統(tǒng)才是穩(wěn)定和健康的生態(tài)系統(tǒng)，主要表象為生物的生產(chǎn)者、消費(fèi)者和分解者齊全，各類生物需要的能量、營(yíng)養(yǎng)和食物鏈結(jié)構(gòu)完整。外來(lái)物種少。特有和珍稀物種生存良好；水質(zhì)良好；景觀及環(huán)境優(yōu)美，使人寧?kù)o、陶醉、舒心，產(chǎn)生靈感和創(chuàng)作激情。

    生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與修復(fù)原則由于生態(tài)系統(tǒng)的復(fù)雜性，到目前為止并沒有經(jīng)典、統(tǒng)一和定量化的水生態(tài)系統(tǒng)保護(hù)與修復(fù)理論，但有幾個(gè)基本原則：需要按自然規(guī)律辦事，少干擾，不進(jìn)一步破壞也許是最佳的修復(fù)計(jì)劃。

    修復(fù)的方法包括物理（如棲息地）、化學(xué)（如水質(zhì)）、生物和管理等多方面，重建或者調(diào)度比較自然的水文和水動(dòng)力過(guò)程、恢復(fù)彎曲河道和分汊河道、增加水面生態(tài)斑點(diǎn)和生態(tài)走廊就是物理方法，而曝氣復(fù)氧、添加活性炭等屬于化學(xué)方法，重建岸邊植被和水草、生物操作、增殖放流等屬于生物方法。