良好水生態(tài)系統(tǒng)的特征具有生物的多樣性。包括生物基因的多樣性、生物棲息地的多樣性和生物物種的多樣性三方面；水生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)完整。水生態(tài)系統(tǒng)結(jié)構(gòu)指構(gòu)成生態(tài)系統(tǒng)諸要素及其量比關(guān)系，各組分在時間、空間上的分布，以及各組分之間的能量、物質(zhì)、信息的交流途徑與傳遞關(guān)系。
    只有結(jié)構(gòu)完整的系統(tǒng)才是穩(wěn)定和健康的生態(tài)系統(tǒng)，主要表象為生物的生產(chǎn)者、消費者和分解者齊全，各類生物需要的能量、營養(yǎng)和食物鏈結(jié)構(gòu)完整。外來物種少。特有和珍稀物種生存良好；水質(zhì)良好；景觀及環(huán)境優(yōu)美，使人寧靜、陶醉、舒心，產(chǎn)生靈感和創(chuàng)作激情。

    生態(tài)系統(tǒng)保護與修復原則由于生態(tài)系統(tǒng)的復雜性，到目前為止并沒有經(jīng)典、統(tǒng)一和定量化的水生態(tài)系統(tǒng)保護與修復理論，但有幾個基本原則：需要按自然規(guī)律辦事，少干擾，不進一步破壞也許是最佳的修復計劃。

    修復的方法包括物理（如棲息地）、化學（如水質(zhì)）、生物和管理等多方面，重建或者調(diào)度比較自然的水文和水動力過程、恢復彎曲河道和分汊河道、增加水面生態(tài)斑點和生態(tài)走廊就是物理方法，而曝氣復氧、添加活性炭等屬于化學方法，重建岸邊植被和水草、生物操作、增殖放流等屬于生物方法。